特定機能病院（とくていきのうびょういん、英語: advanced treatment hospital）とは、1992年6月改正、1993年4月施行の医療法の第2次改正によって制度化された日本の医療機関の機能別区分のうちのひとつ。一般の病院などから紹介された高度先端医療行為を必要とする患者に対応する病院として厚生労働大臣の承認を受ける。 一般の病院としての設備に加えて集中治療室、無菌病室、医薬品情報管理室を備え、病床数400以上、16以上の診療科、来院患者の紹介率が30%以上であることを条件としている。診療報酬の優遇措置を受けられるほか、重症認定を受けている難病患者が特定機能病院で治療を受けた場合に発生する保険診療内の一部自己負担額は公費扱いとなる。 また、医科・歯科系の専門学会から認定された専門医、指導医も数多く在籍している。 2016年4月1日以降は、紹介状を持たない初診患者から選定療養費として5,000円（歯科は3,000円）以上の金額を徴収することが、特定機能病院の義務となった。