Mats Knoester speelde in de jeugd van SV ARC en Feyenoord. Hier vertrok hij in de winterstop van 2018/19 voor een afkoopsom van €150.000 naar Heracles Almelo.[3] Hij debuteerde voor Heracles op 9 februari 2019, in de met 1-0 gewonnen thuiswedstrijd tegen Ajax. Hij kwam in de blessuretijd in het veld voor Lennart Czyborra.