A 2005–06-os idényben nevezett először az NB II-be és rögtön megnyerte azt, amivel az élvonalba jutott. Az első NB I-es idényében a hatodik helyen végezett, a következőben a hetediken, amellyel kiesett. A 2008–09-es másodosztályú bajnokságban a Keleti csoportban indult és az első helyen végzett, ismét élvonalbeli csapat lett. Azóta az élvonalban szerepel. A következő két idényben úgy kerülte el a kiesést, hogy 2009–10-ben nem volt kieső csapat, 2010–11-ben a Pécsi MFC visszalépett a következő idénybeli szerepléstől.