ハオがシャーマンキングとなり、戦いの幕を閉じたシャーマンファイトから14年後のふんばりが丘。麻倉葉とアンナの息子・花は、麻倉家の次期当主。両親の才を受け継ぎ、シャーマンの力を使いこなすも、養母のたまおから力を制限するよう言われ、鬱屈した日々を送っていた。しかし、裏麻倉家の次期当主を名乗る葉羽が現れ、その日常が一変。新たな戦いの幕が上がる。

オーバーソウルでぶつかり合った花と葉羽。これまで同等の力で戦える相手が周囲にいなかったため、喜びを覚えた花。それと同時に、葉羽から寂しさや自身と似た境遇を感じる。そんな中、今度は葉羽の姉・路菓が花の前に現れる。そのオーバーソウルは驚くべき形態を持つものだった。©武井宏之・講談社／SHAMAN KING FLOWERS Project.

葉羽＆路菓との戦いで絶体絶命のピンチに陥った花だったが、自身の許嫁と名乗る少女、アルミ・ニウムバーチに救われる。アルミが花のもとにやって来た理由は、これから起こる戦いのためだと言い……。そんな中、花が通う森羅学園に転校生として葉羽が入学してくる。©武井宏之・講談社／SHAMAN KING FLOWERS Project.

敵同士にも関わらず、学校に通ったことのない葉羽に「転校生の宿命」を教えたり、中2臭溢れる言動を注意したりと世話を焼く花。ずっと友達に憧れを抱いていた葉羽は、花にも友達がいないとわかり、勝手に「友達一号」を名乗る。再び刃を交える時まで平穏に過ごそうと決めた最中、2人の前に新たな転校生が現れ……!?

路菓の手により、阿弥陀丸が石化されてしまった。持霊がなくなった花は、竜次の必殺技「不良呂布（ワルのりょふ）」を脳天に喰らい、気絶してしまう。竜次を使い、そのまま花の息の根まで止めようとする路菓。その様子を見て姉が何かに操られていると悟った葉羽は、彼女のオーバーソウルを解除しようとするのだが……。

過去に死を経験し、ハオによって生き返らせてもらった花。その際の条件が「鬼」の力を宿すことで、花が二度と死ねないように、瀕死の状態になるとその力が発動するようになっていた。その事実を知り、落ち込む花。阿弥陀丸がいないと何もできないとわかり、自身の無力さを痛感する。

自分はいったい何者なのかと、墓地の高台で悩む花。その背後から急に話しかけてきたヤンキー風シャーマン・伊吹ガッコにケンカを売られたと理解し臨戦態勢へ。オーバーソウル・NAMA-HAGEを繰り出すガッコに、自らに宿された「鬼」で対抗する花。次第に正気を失い、花は巨大な鬼の力に取り込まれていく。

鬼化した花の力をおさめたと思ったのも束の間、再び鬼化した花を前にピンチに陥るガッコとナマハ。その瞬間にアルミが現れ…。アルミはガッコを「チームハオ 対鬼師団長」と呼び、合流した葉羽をガッコに「チームハオの仲間」だと紹介。何が何やらわかっていない花と葉羽に対し、アルミは『フラワーオブメイズ』の説明を始める。

花の姿を見て、突然襲い掛かって来た道 黽。ガッコと葉羽が応戦するが、強大なシャーマンの力を持つ黽に手も足も出ない。それを見ていた花は、 あれほど止められているにも関わらず鬼を発動させ「闇鬼」となる。黽の持霊・シャマシュに強烈な一撃をくらわすも、その際、花の頭に“ある記憶”の断片が流れて来る……。

「お前には決定的に欠けているものがある」――グレートスピリッツの中で葉からそう言われた花。「無無明亦無」を喰らって気絶し、目を覚ますと知らない島の海岸に横たわっていた。そこで、敵機に撃墜されてこの島に不時着した桜井咲太郎という男と出会う。

自身が死んでいると理解した桜井は、現実世界では海に沈んでいる戦闘機と己の遺骨を「国に届けてほしい」と花に願う。無理だと断る花だったが、そこにハオが送り込んだタリムが現れ……。その頃、現実世界では黽が竜之介に母の媒介「アイアンメイデン」を見せるよう言うのだが、何者かにニセモノにすり替えられていた。

戦時中、敵軍パイロットの間で「デスゼロ」という異名がつくほど恐れられていた桜井。そんな桜井を花の持霊にしようとするハオの策略を読み、阻止すべく羊介がグレートスピリッツまでやって来る。奇妙なカードを使い、花の能力をコピーしたり、心を読み取ったりと力を見せつける羊介。花はまったく反撃できず……。

羊介に吹き飛ばされた後、気が付くと整然と戦闘機が並ぶ飛行場にいた花。そこで、これまで一緒に過ごしたときとは風貌の異なる桜井と出会う。花がたどり着いたのは、桜井が特別攻撃隊として出撃する前日だった。しかし、出撃する前に基地が敵襲を受けてしまい――。果たして花は、無事にこの「プチ修羅地獄」から抜け出すことはできるのか!?