Die zum großen Teil aus Klöstern stammende Inkunabelsammlung der Bibliothek umfasst ca. 1.800 gedruckte Bücher und Fragmente aus der Zeit von 1454 bis 1500. Besonders zahlreich sind die Erzeugnisse aus Druckorten des deutschsprachigen Südwestens und Südens, daneben sind aber auch die Zentren des Buchdrucks im rheinischen Raum wie Köln, Mainz und Speyer vertreten.

Die Ergebnisse sind über HEIDI oder den Inkunabel-Katalog deutscher Bibliotheken (INKA) recherchierbar.

Mit der Einrichtung eines hauseigenen Digitalisierungszentrums hat die Universitätsbibliothek Heidelberg 2003 damit begonnen, Teile ihrer wertvollen Altbestände sukzessiv zu digitalisieren.

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